Osmanlı'nın Kıbrıs'a yönelik fetih hareketleri, Hristiyan dünyasını paniğe sevk etmişti. Venedik ve Papalığın öncülüğünde İspanya'nın da katılımıyla ittifak oluşturan Haçlı donanması, Osmanlı ordusuna karşı savaşmak için yola çıktı. Akdeniz'de yıllarca korsanlık yapmış, tecrübeli bir denizci olan Uluç Ali Reis'in "İnebahtı Boğazı'nın müstahkem bir yer olduğunu, buradan Haçlıların geçemeyeceğini" söylemesine karşın açık denizde savaşılmış; mağlubiyetin ardından Osmanlı donanması kısa sürede toparlanmıştı. Öyle ki Osmanlı veziri, Venedik elçisine tarihe geçen şu sözü söylemişti: "Kesilmiş bir kol yerine gelmez ama tıraş edilmiş sakal evvelkinden daha gür çıkar."
Osmanlının Avrupa'da ilerleyişleri karşısında birçok defa bu tür Haçlı ittifakı kurulmak istenmişse de başarılı olmamıştır. Bu işin zor olacağı baştan belli olmuştu. Papa'nın Venediklilere yardım edeceği haberi Avrupa'da yayılmış; Papa, Avrupa'daki hükümdarları Hristiyanlık adına görevlerini yerine getirmeye çağırmıştı.
Daha önce Preveze Savaşı'nda kurulan ittifak canlanıyordu. Türklere karşı kurulan orduya Venedik ve Papalığın yanı sıra İspanya da katılacaktı. Haçlı birliği 200 kadırga, 100 nakliye gemisi, 50 bin piyade, 4 bin 500 süvariden oluşacaktı.
1569'da Fransa'yla çok kapsamlı bir kapitülasyon antlaşması imzalanmıştı. Bu kapitülasyonları vermekteki amaç, Kıbrıs'a sefer açıldığında Avrupa'da Osmanlılar aleyhine yürütülecek bir ittifakın gücünü azaltmaktı.
Ayrıca Osmanlı yönetimi Kıbrıs Seferi sırasında Haçlı birliğini parçalamak için politikalar üretti. Osmanlı, Fransa'ya her iki devletin de düşmanı olan İspanya'ya karşı ittifak kurmayı öneriyorlardı. Osmanlı'nın teşebbüsleri sonucu Fransa, menfaatleri icabı Haçlı ittifakına katılmadı.
Venedik komutanı Veniero, Osmanlı donanmasına saldırılmasını teklif etmiş, Papalık da bu teklifi desteklemişti. 103 kadırgalık Osmanlı donanması Kaptanıderya Müezzinzade Ali Paşa komutasında Kıbrıs'a Magosa kuşatmasına mühimmat teslim etmiş; ardından gelmesi muhtemel Haçlı donanmasının yolunu kesmek için Rodos'a gitmişti.
124 gemilik ikinci bir donanma Serdar Pertev Mehmed Paşa komutasında İstanbul'dan ayrıldı. Donanmaya Uluç Ali Reis ile birlikte Trablusgarp Beylerbeyi Cafer Paşa'da katıldı. Dalmaçya kıyılarındaki Venedik toprakları vuruldu. Donanma ortalıkta düşman olmadığı için Adriyatik'te kışlayacaktı. 6 ay boyunca denizlerde gezen Osmanlı donanması yorgun düşmüştü.
Her iki taraf da casusları vasıtasıyla birbirlerinin gücünü öğrenmeye çalışıyordu. Haçlıların geldiği haberi üzerine Osmanlı donanmasındaki komutanlarla bir harp meclisi toplandı. Akdeniz'de yıllarca korsanlık yapmış, tecrübeli bir denizci olan Uluç Ali Reis, toplantıda "İnebahtı Boğazı'nın müstahkem bir yer olduğunu, buradan Haçlıların geçemeyeceğini söylemişti.
Ancak denizcilikten gelmeyen Kaptanıderya Ali Paşa, bu görüşe karşı çıkarak, padişahın emrinin düşmanla savaşılması olduğunu söyledi. Ali Paşa, donanmayı stratejik bakımdan üstün bir yerden çıkardı. Osmanlı donanması, İnebahtı açıklarında Haçlı ordusu ile karşılaştı. Gemi, silah ve asker üstünlüğü Hristiyanlardaydı. Osmanlı donanması yorgun Haçlı donanması ise dinçti. 3 saat süren savaşın sonunda Haçlılar zafer kazandılar.
Hristiyan dünyası, güç birliği ve sağlam bir irade ile Osmanlıların korku salan gücünün engellenebileceği inancını taşımaya başladı. Onlar için Osmanlının yenilmezlik efsanesi bitmiş; İstanbul'un fethinden sonra bir türlü durdurulamayan Osmanlı İmparatorluğuna ilk büyük darbe vurulmuştu.
İnebahtı'nın galipleri, muharebede ele geçirdikleri Türk silahlarını, bayraklarını ve eşyalarını Venedik, Roma, Cenova ve Madrid'de sokak ve dükkânlarda sergilediler. "Türklere karşı tanrının yardımıyla kazanılan büyük zaferin anısına" yazısını taşıyan paralar bastırıldı. İnebahtı'nın birçok ressam tarafından tablosu yapıldı; yüzlerce destan şiir ve kitap kaleme alındı.