Bir tür Hıristiyan külliyesi olarak da tanımlayabileceğimiz yapı, temelde 3 kilisenin birleştirilmesiyle ortaya çıkmıştır. Bünyesinde ayrıca; şapel, kütüphane, hastane, göz sağlığı merkezi ve yaşlılar evi de bulundurmaktaydı. 1453 yılındaki fetihten sonra ise Fatih Sultan Mehmet Han'ın vakfına tabi edilmiş ve camiye çevrilmiştir.
Dönemin din adamları tarafından manastır olarak da kullanılan Pantokrator Kilisesi'nin temellerini, Komnenos hanedanından İmparator 2.Yannis'in eşi İmparatoriçe İrene tarafından atılmıştır. Aynı zamanda Macaristan Kralı Ladislaus'un da kızı olan İrene, 1118 yılında güney cephedeki kilisenin inşaatını başlattı. Ne var ki mabedinin tamamlandığını göremeden 1124 yılında vefat etti.
Yarım kalan işi eşi İmparator Yannis Komnenos tamamladı (yaşlılar evi ve hastaneler, İrene'nin projesiydi ). Hemen ardından da kuzey cephesine bakan ikinci kiliseyi inşa ettirdi. 1136 yılında ise iki ibadethanenin ortasına bir küçük kilise (şapel) yaptırarak yapıları birleştirdi. 1142 yılında vefat ettiğinde buraya, eşinin yanına gömüldü. Roma kaynaklarına göre, bu çiftin en küçük oğulları İmparator 1.Manuel ve Paleologos hanedanlığından 5.Yannis de Pantokrator'a gömülmüştür.
Konstantinopolis'teki pek çok eser gibi bu eser de Latinlerin kenti istila ettikleri dönemde oldukça zarar görmüştür. Yapı, İstanbul'un Doğu Katolik İmparatorluğu'nun başkenti olarak kaldığı 57 yıl boyunca farklı amaçlar için kullanıldı. Bir kısmı saray olarak kullanılırken bir kısmı da konuk evi olarak tahsis edilmişti. Yine bu dönemde birçok Hıristiyan azizine ait kutsal eşya da Venedik'e yollanmıştır. Yarım yüzyıl boyunca hiç bakım ve onarım görmeyen Pantokrator Kilisesi, tüm kıymetli madenleri tükenene dek yağmalanmıştır.
KİLİSENİN MEDRESEYE ÇEVRİLMESİ
Yapının içerisindeki 3 kilisede Müslümanların ibadetine açılmıştır.
1453 yılında İstanbul fethedildiğine, Sultan 2.Mehmet Han yapıyı önce kendi vakfiyesine dâhil etti. Ardından da dönemin büyük âlimlerinden Molla Zeyrek Mehmet Efendi'yi, kilisenin medreseye çevrilmesi için görevlendirdi. Eğitime oldukça önem veren büyük Fatih, kendi külliyesi tamamlanana dek öğrencilerin burada okumasını emretti ve mollayı buranın müderrisi olarak atadı. Bugün artık Zeyrek veya Zeyrekhane olarak anılan semt (Fatih ilçe sınırları içerisinde) adını, Molla Mehmet Efendi'nin "hazırcevap" anlamına gelen Zeyrek lakabından almıştır.
Talebelerin Fatih Külliyesi'ndeki medreseye taşınmasından sonra ise Zeyrek Medresesi, Zeyrek Cami olmuştur. Yapının içerisindeki 3 kilisede Müslümanların ibadetine açılmıştır. Sultan ayrıca, bu kilisenin azledilmiş din adamı olanı Georgios Kourtesis Scholarios'u, tekrar Ortodoks mezhebinin Patriği ilan etmiştir.
Fetihten önce Müslümanlara karşı Katoliklerle ittifak yapılmasına karşı çıkan Scholarios, bundan sonra Gennadios adını kullanmıştır. Mimari yapısında barok izler taşımasının nedeni ise 18.yüzyılda yapılan ciddi onarım çalışmalarıdır. Bunun dışında 1950 ve 1970 yılları arasında birkaç defa bakıma alınmıştır. Molla Zeyrek Cami, 1986 senesinde UNESCO tarafından Dünya Mirası listesine dâhil edilmiştir.
Manastırdan, toprak üstünde günümüze intikal eden hiçbir iz kalmamıştır. Yalnızca, caminin çevresinde evvelce manastır yapılarının altında oldukları anlaşılan sarnıçlar bulunmaktadır. Fatih vakfiyesinde 50 hücreli olduğu bildirilen medreseden de iz yoktur. Molla Zeyrek Camii'nin mimari durumu ise şu şekildedir: Kuzeydeki ve güneydeki kiliselerine ait narteksler, ortadaki şapelin de önünü kapayarak ortada buluşur.
Ortadaki şapel küçük olduğundan yan netleri yok, apsisi tektir. Buradaki mezar yeri ise hala görünür durumdadır. Şapel'in küçüklüğüne rağmen biri kiliselerdeki en büyük kubbe olmak üzere iki kubbesi vardır. Mermer döşeme ve duvar kaplamaları orijinal halinde durur. Kiliseler arasındaki duvarlar yer yer yıkılarak tek mekân oluşturulmuştur.
TUĞLADAN TEK ŞEREFELİ BİR MİNARE
Güneydeki kilise dört sütunlu kapalı haç planlı olup üç apsislidir. Ana mekânını, yüksek kasnağı on iki pencereli olan bir kubbe örter. Doğu tarafında, pencere ve nişleri olan bir apsis çıkıntısı vardır. Beş bölümlü narteksinin orta bölümünü, yüksek kasnaklı bir kubbe örter.
Camiye çevrilince duvar oyularak mihrap, tabana ahşap döşeme ve sağ tarafına da tuğladan tek şerefeli bir minare yapılmıştır. Alt pencereler genişletilerek karanlıktan kurtarılmaya çalışılmıştır. Alçı mihrap, mermer minber, ahşap kürsü, 18. yüzyılın ikinci yarısında, barok üsluplu olarak yeniden yaptırılmıştır. Büyük depremden sonra kubbeleri taşıyan kırmızı gövdeli sütunların yerlerine, barok profilli taş örme payeler yaptırılmıştır. 1953 restorasyonun da ahşap taban kaldırıldığında altından, iç süslemelerin en güzeli olduğu kabul edilen mozaikler ortaya çıkmıştır. Ayrıca, zemin düzeyindeki figürlerin, Antik çağ mitolojisindeki bir varlığı tasvir etmesi şaşırtıcı bulunmuştur. Apsiste kapatılmış bir pencere açıldığında, pencere kemerinin içinin altın zeminli mozaikle süslü olduğu görülmüştür.